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校長室
 
 
副校長
 
 
教務處
  註冊一組  課務一組  教學資源組  綜合一組  推廣教育中心  實習組  教學發展中心 
 
學生事務處
  生活輔導一組  課外活動輔導一組  衛生保健組   住宿服務一組  職涯發展組 
 
總務處
  文書組  事務一組  出納一組  營繕一組  採購組  經營管理㇐組 
 
研究發展處
  研究總中心  企劃一組  計畫業務一組  產學運籌中心  儀器資源中心 
 
國際事務處
  行政組  策略規劃發展組  國際人才培育組  國際合作組  境外生事務一組 
 
秘書處
  綜合業務組  議事組  公共關係組  校友中心 
 
圖書館
  醫學圖資組  推廣服務組  採訪編目組  機構典藏組  系統資訊組 
 
資訊技術服務中心
  技術發展組  校務資訊組  網路系統組  諮詢服務組 
 
人事室
  人事室一組  人事室二組 
 
主計室
  主計室第二組  主計室第三組 
 
校務大數據研究中心
 
 
醫學院
  醫學系  醫學系外科學科  臨床醫學研究所  轉譯醫學博士學位學程  傳統醫藥研究所  公共衛生碩士學位學程  國際衛生碩士學位學程  公共衛生研究所  生物醫學資訊研究所  醫務管理研究所  衛生福利研究所  環境與職業衛生研究所  環境科技博士學位學程  生理學科暨研究所  藥理學研究所  解剖學及細胞生物學研究所  醫學系熱帶醫學科  急重症醫學研究所  腦科學研究所 
 
環境保護暨安全衛生中心
 
 
健康心理中心
 
 
軍訓室
 
 
牙醫學院
  牙醫學系  口腔生物研究所  口腔組織工程與生技材料研究所 
 
國立陽明交通大學附設醫院
 
 
生命科學院
  生命科學系暨基因體科學研究所  神經科學研究所  微生物及免疫學研究所  生化暨分子生物研究所  生物醫學資訊研究所  分子醫學博士學位學程  跨領域神經科學國際研究生博士學位學程  生技醫療經營管理碩士在職學位學程  生技醫療產業博士學位學程  跨領域神經科學博士學位學程(台灣聯合大學系統) 
 
生物醫學暨工程學院
  醫學生物技術暨檢驗學系  生物醫學影像暨放射科學系  物理治療暨輔助科技學系  生物醫學工程學系  生醫光電研究所  數位醫療學士學位學程  光電博士學位學程  生物醫學暨工程科技產業博士學位學程 
 
護理學院
  護理學系  臨床護理研究所  社區健康照護研究所 
 
藥物科學院
  藥學系  生物藥學研究所  食品安全及健康風險評估研究所 
 
人文與社會科學院
  視覺文化研究所  心智哲學研究所  科技與社會研究所  人文與社會教育中心  亞際文化研究國際碩士學位學程 
 
跨專業長期照顧與管理碩士學位學程
 
 
國際產學聯盟
 
 
體育室
  活動一組  教學一組 
 
博雅書苑
  藝文中心 
 
研究中心
  社區醫學研究中心  腫瘤惡化卓越研究中心  腦科學研究中心  睡眠研究中心  防疫科學暨健康一體研究中心  張平倫癌症暨生物治療研究中心  醫學工程研發中心  系統與合成生物學研究中心  數位醫學暨智慧醫療研究中心  ICF暨輔助科技研究中心  代謝體暨蛋白體研究中心  健康數據統計研究資源中心  健康長壽與老化科學研究中心  學校衛生研究中心 
 
實驗動物中心
 
 
USR推動辦公室
 
 
學生宿舍
 
 
領航中心
 
 
學生餐廳
 
 
輻射防護講習班
 
 
西安街宿舍
 
 
校友總會
 
 
學士班大一大二不分系
 
 
教學大樓(原一教樓)機房
 
 
教學大樓(原一教樓)教授休息室
 
 
行政大樓一樓會議室
 
 
知行樓(原二教樓)教授休息室
 
 
郵局
 
 
布查花園餐廳
 
 
活動中心管理員室
 
 
沈力揚基金會
 
 
尚德影印社
 
 
游泳健身館
 
 
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